Eén van de belangrijkste maar minst bekende aspecten van Darwin is zijn racisme: Darwin zag de blanke Europeanen als meer ontwikkeld dan alle andere menselijke rassen. Terwijl Darwin aannam dat de mens zich uit aapachtige wezens had ontwikkeld, beweerde hij dat bepaalde rassen zich beter hadden ontwikkeld dan anderen en dat de laatste nog steeds aapachtige trekken hadden. In zijn boek: The descent of man, wat hij na The origin of spieces uitgaf, sprak hij openlijk over de grotere verschillen tussen de mensen van bepaalde rassen. (Benjamin Farrington, What Darwin really said. London: Sphere Books, 1971, pp. 54-6.)
In zijn boek beschouwde Darwin zwarte mensen en Australische Aboriginals gelijk aan gorilla's en dat zij op den duur door beschaafde rassen vervangen zouden worden. Hij zei: "In de nabije toekomst, niet erg ver wanneer het in eeuwen gemeten wordt, zullen de beschaafde rassen van de mens vrijwel zeker de primitieve rassen over de hele wereld uitroeien en vervangen. Tegelijkertijd zullen antropomorfische apen ongetwijfeld uitgeroeid zijn. De kloof tussen de mens en zijn naaste verwanten zal dan groter zijn, want het zal dan gaan tussen aan de ene kant de mens in een beschaafdere staat, mogen we hopen, zelfs dan de Kaukasische mens, en wat apen zo laag als de baviaan aan de andere kant. In plaats van zoals nu tussen de neger of de Aboriginal en de gorilla."( Charles Darwin. The descent of man, 2nd ed., New York : A.L. Burt Co., 1874, p. 178)
De onzinnige ideeën van Darwin waren niet alleen theorie, maar kregen een positie waarin zij de belangrijkste "wetenschappelijke basis"vormden voor het racisme. Aangenomen dat het levende wezen zich in de strijd om het bestaan ontwikkelde, werd het Darwinisme zelfs in de sociale wetenschappen aangenomen en veranderde in een concept dat bekend werd onder de naam: sociaal darwinisme. Het sociaal darwinisme beweert dat de bestaande menselijke rassen ieder een bepaalde plaats op de evolutieladder hebben en dat de Europese rassen het best ontwikkeld van alle waren en dat vele andere rassen nog aapachtige trekken hadden.
