De theorie van Darwin kwam in een diepe crises terecht, omdat de wetten van de genetica in het eerste kwart van de twintigste eeuw ontdekt werden. Niettemin was een groep wetenschappers vastbesloten om Darwin trouw te blijven en met oplossingen hiervoor te komen. Zij ontmoetten elkaar op een bijeenkomst die in 1941 door de Geological Society of America georganiseerd was. Genetici als G. Ledyard Stebbins en Theodosius Dobzhansky, zoölogen als Ernst Mayr en Julian Huxley, paleontologen als George Gaylord Simpson en Glenn L. Iepsen en wiskundig genetici zoals Ronald Fisher en Sewall Right, kwamen na lange besprekingen manieren overeen om het Darwinisme op te lappen.
Dit kader concentreerde zich op de vraag van de oorsprong van de bevoordelende variaties die er waarschijnlijk voor zorgden dat levende wezens evolueren - een onderwerp dat Darwin zelf niet kon uitleggen, maar eenvoudig uitprobeerde door stap voor stap op Lamarch te steunen. Het idee was nu de 'willekeurige mutaties'. Ze noemden deze theorie 'De moderne synthetische evolutietheorie' die geformuleerd werd door het toevoegen van het concept van de mutatie aan de thesis van Darwin over de natuurlijke selectie. Na korte tijd werd deze theorie bekend onder de naam 'neodarwinisme' en degenen die deze theorie presenteerden, werden neodarwinisten genoemd.
De volgende decennia werd een tijd van wanhopige pogingen om het neodarwinisme te bewijzen. Het was al bekend, dat mutaties of 'ongelukken', die in de genen van levende wezens plaatsvinden altijd slecht waren. Neodarwinisten probeerden een geval te vinden van 'goede' mutaties die een voordeel opleverden, dit door duizenden experimenten met mutaties uit te voeren. Al hun pogingen bleken te mislukken.
Ze probeerden ook te bewijzen, dat de eerste levende wezens door toeval tot stand waren gekomen onder de primitieve omstandigheden van de aarde, ook deze theorie was gedoemd te mislukken tijdens de experimenten die ze daarvoor verrichtten. Ieder experiment dat diende te bewijzen dat het leven door toeval ontstaan is, mislukte. Waarschijnlijkheidsberekeningen bewezen, dat zelfs geen enkel proteïne, de bouwsteen van het leven, door toeval tot stand kon komen. En de cel - die volgens de evolutionisten door toeval onder de primitieve en niet-controleerbare aardse omstandigheden zou moeten verschijnen, kon zelfs niet in het best ontwikkelde laboratorium van de twintigste eeuw worden samengesteld.
Het neodarwinisme wordt ook door het fossielarchief verslagen. Er zijn nooit ergens waar ook ter wereld, 'overgangsvormen' gevonden die de geleidelijke evolutie van de levende organisme van primitief tot ontwikkeld zoals de neodarwinistische theorie beweert. Tegelijkertijd liet de hedendaagse anatomie zien dat soorten die zich zogenaamd uit elkaar hebben ontwikkeld, eigenlijk een heel verschillende anatomie hebben en dat ze nooit voorouders of afstammelingen van elkaar konden zijn.
Maar het neodarwinisme is nooit, op welke wijze dan ook, een wetenschappelijke theorie geweest, maar was een ideologisch dogma, in feite zelfs een soort 'religie'. De Darwinistische professor in de filosofie en zoölogie, Michael Ruse, bekent dit met de volgende woorden:
En zeker er is geen twijfel over, dat in het verleden en ik denk ook in het heden, voor vele evolutionisten, de evolutie gefunctioneerd heeft als iets met elementen die, laten we zeggen, aan een seculiere religie verwant zijn… En het is voor mij heel duidelijk dat op een bepaald zeer fundamenteel basisniveau, evolutie als een wetenschappelijke theorie een bepaalde verplichting heeft naar een soort naturalisme…21
Dit is dan ook de reden waarom de vertegenwoordigers van de evolutietheorie ondanks bewijs van het tegengestelde, die nog steeds blijven verdedigen. Er is een zaak waarover zij het niet eens zijn, n.l. welke van de verschillende modellen die van de evolutietheorie zijn voorgesteld, de juiste is. Eén van de belangrijkste modellen hiervan is het fantasievolle scenario van het 'onderbroken evenwicht.'
21 Michael ruse, "Nonliteralist Antievolution" AAAS Symposium: "The New Antievolutionism, February 13, 1993, Boston MA.